Par désinfection, on entend la limitation, l'élimination des micro-organismes présents dans l'eau.
Les micro-organismes présents dans l'eau sont en général des bactéries et des algues qui, à terme, rendent l'eau inutilisable. Plus l'eau est chargée en matières organiques, plus vite elle se détériorera.
Les systèmes de désinfection utilisables sont :
- Pour les circuits d'eau pure : Ultraviolet (UV), ou de l'ozone
- Pour l'eau chargée organiquement et/ou avec une mauvaise turbidité : Oxydation chimique,
- La solution idéale, pour autant que les débits ne soient pas trop élevés : Ultrafiltration.